Está ubicado en el corazón del barrio Real de San Carlos y hace que por el tiempo en el que lo visitemos, nos podamos remontar millones de años atrás hasta llegar a una época prehistórica. Se pueden ver en el museo restos de varias especies que los diferentes paleontólogos y arqueólogos han encontrado en varios puntos de Colonia. En el territorio uruguayo hace mucho pero mucho tiempo, vivieron animales de gran tamaño como por ejemplo los Gliptodontes, el tátara tátara abuelo de la mulita, pero mucho más grande, con una fuerte coraza de huesos porosos que se dividen en pequeñas placas.
Tenían la cabeza y la cola acorazada o según la especie podía ser anillada también. Nada más que la cola medía un metro de longitud para tener una imagen de la magnitud de éste animal. Otros parientes del Gliptodonte son los Panochtus y el Chlamydotherium del cual se han encontrado también una gran cantidad de restos que se exhiben en el museo Paleontológico. Otra especie que se pude observar en el museo es el Dasipodido gigante y un Prodaedicurus, que son muy similares a los anteriores, y son especies que habitaron el Uruguay hace más de 2 millones de años. También es posible apreciar piezas sueltas como fémur, cráneos o huesos varios de muchas especies extintas como el Magatherio y el Lestodonte, los cuales son considerados como los mamíferos más grandes que alguna vez existieron en la Tierra.
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